Η πιο διάσημη εκκλησία του νησιού, η Παναγίτσα του Πύργου, βρίσκεται στην άκρη του λιμανιού της Σκοπέλου, χτισμένη πάνω σε έναν βράχο. Άλλη μία εξίσου διάσημη εκκλησία του νησιού είναι το εκκλησάκι του Αϊ-Γιάννη που βρίσκεται κοντά στον οικισμό της Γλώσσας, χτισμένο στην κορυφή ενός βράχου ύψους περίπου 100 μ, προσφέροντας θέα που κόβει την ανάσα.
Η φήμη του εξαπλώθηκε παγκοσμίως, χάρη στην προβολή που δέχθηκε μέσω της ταινίας “Mamma Mia”.
Σε όλο το νησί υπάρχουν μοναστήρια μνημειακής αξίας, τα περισσότερα από τα οποία χρονολογούνται από τη Βυζαντινή εποχή.
Το πρώτο μοναστήρι που θα συναντήσετε ακολουθώντας το δρόμο που οδηγεί σε αυτά, στα νοτιοδυτικά της Χώρας της Σκοπέλου, είναι αυτό της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος, χτισμένο στα τέλη του 15ου-αρχές 16ου αιώνα.
Στη συνέχεια την Μονή της Ευαγγελίστριας που βρίσκεται πάνω στην πλαγιά του βουνού Παλούκι και χτίστηκε το 1712.
Έπειτα την Μονή της Αγίας Βαρβάρας που χτίστηκε το 1648. Η Μονή της Αγίας Βαρβάρας περιβάλλεται από χοντρό και ψηλό μαντρότοιχο που θυμίζει μεσαιωνικό οχυρό και το τέμπλο της είναι το πιο παλιό στην Σκόπελο (15ου αιώνα).
Τέλος, αξιοσημείωτα μοναστήρια είναι επίσης η Μονή του Αγίου Ρηγίνου, του πολιούχου της Σκοπέλου, που χτίστηκε το 1728 και η Μονή του Τιμίου Προδρόμου που χτίστηκε τον 18ο αιώνα και βρίσκεται στην κορυφή του βουνού Παλούκι, μόλις 300 μέτρα από την Μονή της Αγίας Βαρβάρας.